Malmøya eksisterer som naturperle i dag ikke fordi myndigheten ville det, men fordi en gruppe beboere og miljøforkjempere fikk hindret at øya – samt Ormøya og Malmøykalven – ble en del av Oslo Havn.
Den 2. november 1979 ble det på og ved Malmøya fredet sju atskilte områder som naturminner og dyrefredningsområde. Hensikten var i første rekke å beskytte geologiske forekomster, kalkfuruskog og fugleliv, da øya har stor verdi som raste-, beite- og hekkeområde for sjøfugler. Fire av områdene ble senere samlet til ett og fredet som naturreservat den 27.6.2008. Fra da er følgende områder fredet:
Malmøya Kystkulturlag 